Okrem aktívnej hudobnej kariéry sa Marsalis Jr. zameral aj na výučbu
hudby. Svojím didaktickým prístupom v kombinácii so záujmom o filozofiu
povzbudzoval svojich študentov, aby objavovali hudbu samostatne,
prostredníctvom experimentu a veľmi pozorným počúvaním.
Ako popredný pedagóg v New Orleans Centre for Art Arts, University of
New Orleans a Xavier University of Louisiana Ellis Marsalis ovplyvnil
kariéru nespočetných hudobníkov, vrátane Terencea Blancharda, Harryho
Connicka ml., či Nicholasa Paytona.
Džezovými hudobníkmi sú aj štyria z jeho šiestich synov: Branford, Wynton, Delfeayo a Jason.
V máji 2007 získal Marsalis Jr. čestný doktorát z Tulane University za svoj príspevok k vzdelávaniu v oblasti džezu a hudby.
V decembri 2008 bol uvedený do hudobnej siene slávy štátu Louisiana.
V roku 2011 získal spolu so svojimi synmi ocenenie NEA Jazz Masters.
Vydal niekoľko vlastných albumov, na ktorých často hrali i jeho synovia.
Spolupracoval i s ďalšími hudobníkmi, ako sú Marcus Roberts, Courtney
Pine, Eddie Harris či David "Fathead" Newman.